Maskinmesterskolen blev oprindeligt grundlagt i 1929 i bygninger midt i byen, men i 1968 flyttede skolen ud på Hånbækvej 54 i de nuværende lokaler. Skolen har hele tiden været en selvejende institution.
Søfartsskolen blev etableret i 1949 på en stor, skøn grund kun nogle få meter fra Kattegat / Kragholmen 180. Elevfløjen blev oprindeligt bygget i 1938 som turisthotel. Indtil 1974 hed skolen Statens Sømandsskole, men da der begyndte at komme kvinder på skibene, blev navnet ændret til Statens Søfartsskole. I begyndelsen af 1980'erne blev navnet igen ændret til Frederikshavn Søfartsskole, og skolen har hele tiden været en statsinstitution.
1. januar 2001 blev MARTEC dannet ved en sammenlægning af maskinmesterskolen og søfartsskolen og 1. maj 2003 overtog MARTEC driften af Skoleskibet DANMARK fra Søfartsstyrelsen. MARTEC er i dag en selvejende institution under ministeriet for Forskning og Videregående Uddannelse.
I 2017 fusionerede MARTEC med Skagen Skipperskole. Skipperskolen blev etableret i 1921 i Skagen, og skiftede navn, i forbindelse med fusionen i 2017, til MARTEC SKAGEN. MARTEC udbyder således alle uddannelser til Det Blå Danmark.